BK49 is een huurdersvereniging en kunstenaarscollectief, waarbij de zeggenschap ligt bij de Algemene Ledenvergadering, de ALV. Iemand die bij BK49 een atelier huurt, is automatisch lid en heeft daarmee stemrecht. De ALV vindt meestal twee keer per jaar plaats, waarvan één keer voor de behandeling van de jaarrekening.

De ALV heeft in 2010 een bestuur voor BK49 benoemd. Momenteel bestaat die uit vier leden: Voorzitter John van der Stam, Penningmeester Adrijan Siniša Rakić,  Secretaris Martin Takken, algemene leden Jaap Broersma, en Peet van Duijnhoven.

Het bestuur houdt zich onder meer bezig met de dagelijkse gang van zaken, beheer van het gebouw en overleg met de eigenaar en verhuurder van het gebouw, Stadsdeel Oost.